Manuskrip Islam Pesantren (MIPES) yang ditemukan selama penelitian dikelompokkan dalam dua kategori. Kategori Pertama, adalah MIPES dalam bentuk aslinya dikatalogkan berdasarkan lokasi tempat penyimpanan MIPES. Seperti MIPES yang ditemukan di Pondok Pesantren Langitang Widang Tuban dikatalogkan dalam Lang 001 sampai seterusnya, sedangkan kodeks MIPES yang ditemukan di Pondok Pesantren Tegalsari adalah Ts 001 dan seterusnya, dan kodeks MIPES yang disimpan di Pondok Pesantren Tarbiyyatut Thalabah Keranji Lamongan adalah Ker 001 dan seterusnya.
Sedangkan Manuskrip Digital yang telah dibuat oleh LPAM Surabaya dikelompokkan berdasarkan pada Wilayah bekas Karesidenan tempat lokasi MIPES tersebut disimpan. Hingga saat ini LPAM Surabaya telah membuat sembilan buah manuskrip digital.
1. MIPES-Bjng 001 dan seterusnya, untuk Manuskrip Digital dari MIPES yang ditemukan di wilayah eks Karesidenan Bojonegoro.
2. MIPES-Mdn 001 dan seterusnya untuk Manuskrip Digital dari MIPES yang ditemukan di wilayah eks Karesidenan Madiun.
with a deep appeciation to Dr. Annabel Gallop for the comment